Διαπιστώνων ὁ άγιος ὁτι ὁλαι αἰ προσπάθειαί του νά πείση τούς Ὁρθοδόξους νά μήν προχωρήσουν εἰς τήν ἔνωσιν γενόμενοι θύματα τών παπικών ήσαν μάταιοι, απεσύρθη άπό τοῦ νἀ συμμετέχη ενεργώς εἰς τάς εργασίας τῆς συνόδου.

Τελικώς τήν 5ην Ιουλίου 1439 υπεγράφη ή ε'νωσις καί ως αναφέρει ὁ Συρόπουλος οἰ περισσότεροι Ὁρθόδοξοι αντιπρόσωποι υπεγραψαν χωρίς τήν θέλησίν των καί φοβούμενοι τόν αυτοκράτορα. Oταν δέ ὁ πάπας ήρώτησεν ἐάν ὐπέγραψεν ὁ Μάρκος καί ἔλαβεν ἀπάντησιν ἀρνητικήν είπε προφητικώς' «Λοιπόν, ἐποιήσαμεν οὐδέν». Ό υπερόπτης καί δεσποτικός πάπας ἐζήτησεν άνερυθριάστως άπό τόν ἄβουλον βυζαντινόν αυτοκράτορα, ὁπως στείλη τόν Μάρκον εἰς αυτόν διά νά τόν δικάση ενώπιον συνοδικού δικαστηρίου, ἀλλ' ευτυχώς ό αυτοκράτωρ ήρνήθη.

Αργότερα δμως παρεκάλεσε τόν Μάρκον, άφοϋ είχε πάρει προφορικός διαβεβαιώσεις διά τήν άσφάλειάν του άπό τόν πάπαν, νά ἐμφανισθῆ ἐνώπιον τοῦ ποντίφηκος καί νά ἐξηγήση τήν στάσιν του. Ό Μάρκος υπακούοντας εἰς τό αὐτοκρατορικόν πρόσταγμα ἐπῆγεν εἰς τόν πάπαν. Μάταια ὁμως προσεπάθησεν ὁ άρχιαιρεσιάρχης τῆς δύσεως νά τόν πείση νά δεχθῆ τήν ἐκτρωματικήν ἔνωσιν. Ὄταν δέ εἴδεν ὁτι ὁ Μάρκος ἔμεινεν αμετακίνητος εἰς τάς απόψεις του, κατέφυγεν εἰς εκβιασμούς καί άπείλησεν ὁτι θά κατεδίκαζε τόν ἄγιόν μας ως αἰρετικόν. Άλλ' ὁ ἄγιος Μάρκος μή πτοηθείς απήντησε μετά παρρησίας λέγων. «Αί σύνοδοι κατεδίκαζον τους μή πειθομένους τη Εκκλησία, άλλ' εις δόξαν τινά εναντίον αυτής ένισταμένους καί ταύ-την κηρύττοντας καί υπέρ αυτής αγωνιζόμενους, διό καί αιρετικούς έκάλουν αυτούς... Έγώ δέ ου κηρύττω ιδίαν μου δόξαν ουδέ τι έκαι-νοτόμησα, ούδέ υπέρ αλλότριου τινός δόγματος καί νόμου ένίστα-μαι, άλλ' εις τήν ακραιφνή δόξαν, τηρώ έμαυτόν».